Nació en Chamacuero, Estado de Guanajuato, hijo de una familia criolla. Inició sus estudios en Querétaro y más tarde en la capital del país, en San Ildefonso, el 7 de enero de 1812 se graduó de bachiller en filosofía; el 19 de noviembre de 1818, obtuvo el mismo grado en teología y el 19 de julio de 1819 en la catedral le fue otorgado el grado de licenciado en la materia; en 1820 alcanzó el doctorado y con él, el sacerdocio.

Durante el gobierno de Valentín Gómez Farías, creó la Dirección General de Instrucción Pública para el Distrito y los territorios Federales, y puso las bases de la enseñanza laica. Intentó sustraer la educación al clero; su política educativa se dirigió básicamente a la difusión de la educación entre las clases populares, sin distinciones.

De igual forma trató de organizar la vida política del país sobre una base liberal, transformando la conciencia cívica de las nuevas generaciones a través de métodos educativos. Sin embargo, los conservadores reaccionaron y trataron de restablecer el orden anterior; el caos político hizo aún mas difícil la organización de la educación.

El doctor Mora formuló un excelente plan de estudios y en el que se iniciaron notables progresos para su tiempo. Creó el colegio de Ideología, con el propósito de dar una orientación racional a la mentalidad del país.

A la caída del partido liberal, el doctor Mora cambió su residencia a París, durante el dominio del dictador Santa Anna. Con Gómez Farías nuevamente en la presidencia, el doctor Mora fue nombrado ministro plenipotenciario en Londres, puesto que ocupó hasta su muerte, acaecida el 14 de julio de 1850, en Francia.

Entre sus obras: "Catecismo de la Federación Mexicana"; "Disertación sobre la naturaleza y Aplicación de las rentas y bienes eclesiásticos, y sobre la autoridad a que se hallan sujetos en cuanto a su creación, subsistencia o supresión"; "México y sus Revoluciones" y Obras sueltas.